用于蛋白免疫印跡的固相載體有多種，硝酸纖維素膜及PVDF（聚亞乙烯雙氧化物）膜zui為常用。硝酸纖維素膜具有結合能力強，膜不需要活化，背景淺，能進行多次免疫檢測并且功能基團壽命長等優點，但極易破碎不易操作。

PVDF膜在制備多肽供蛋白質化學分析中zui為常用。它具有超強的蛋白質結合能力和高信噪比，所以不會因為重復使用探針而使蛋白質丟失。

另外，膜的開放孔結構使其更容易與被吸附的蛋白質結合。